โครงสร้างองค์กรที่มีประสิทธิภาพ ออกแบบให้เกิดการบูรณาการอย่างมีระบบระหว่างส่วนสนับสนุนและส่วนวิชาการ แบ่งออกเป็น 2 ส่วนหลัก ดังนี้

1. ส่วนสนับสนุนพันธกิจ: กองบริหารงานคณะ มีหน้าที่หลักในการสนับสนุนการดำเนินงานต่างๆ ของคณะเพื่อให้บรรลุพันธกิจ ได้แก่ งานสนับสนุนวิชาการ งานสนับสนุนวิจัยและบริการวิชาการ และงานจัดการทั่วไป
2. ส่วนจัดการเรียนการสอน การวิจัย และบริการวิชาการ ประกอบด้วย สาขาวิชาต่างๆ 3 สาขาวิชา (ได้แก่ เทคโนโลยีธรณี เทคโนโลยีการอาหาร และเทคโนโลยีชีวภาพ) และ หลักสูตรต่างๆ 2 หลักสูตร (ได้แก่ หลักสูตรเทคโนโลยีระบบการผลิตและการจัดการอุตสาหกรรม และหลักสูตรวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีการประกอบอาหาร)

การบูรณาการระหว่างสาขาวิชาช่วยส่งเสริมการทำงานข้ามศาสตร์และเพิ่มประสิทธิภาพการใช้ทรัพยากร โครงสร้างการบริหารที่ยืดหยุ่นและคล่องตัว ช่วยให้การตอบสนองต่อการเปลี่ยนแปลงของสภาพแวดล้อมเป็นไปอย่างรวดเร็ว